Wawel nhìn từ Vương cung thánh đường Thánh Mary

Cư dân đã sống trên đồi Wawel, tại vị trí của Lâu đài từ năm mươi nghìn năm trước, từ Thời đại Cổ sinh. Cuộc sống định cư nhộn nhịp với nhiều hoạt động thương mại, các loại hàng thủ công và nông nghiệp địa phương. Ngày càng có nhiều người bắt đầu đến định cư trên đồi Wawel và giao thương trở nên phát triển hơn, những nhà cai trị Ba Lan cũng chuyển đến cư trú tại đồi Wawel.

Trong suốt đầu thế kỷ 16, Vua Sigismund I the Old (Zygmunt I ở Ba Lan) và vợ ông đã đưa về đây các nghệ sĩ giỏi nhất từ trong đến ngoài nước, bao gồm các kiến trúc sư, nhà điêu khắc và nhà trang trí người Đức, để tân trang lại lâu đài thành một cung điện Phục hưng lộng lẫy.[2] Lâu đài này nhanh chóng trở thành một tuyệt phẩm, một dinh thự trang nghiêm ở Trung và Đông Âu, và được lấy làm mẫu điển hình trên toàn khu vực.

Những tấm thảm hình yêu tinh, chẳng hạn như tấm thảm này với chữ "SA" viết tắt tên của Vua Sigismund Augustus của Ba Lan, Brussels, c. 1555, là một phần của tác phẩm thảm tường Jagiellonian nổi tiếng, còn được gọi là Wawel Tapestries hoặc Wawel Arrases.

Trong trận hỏa hoạn năm 1595, phần phía đông bắc của lâu đài đã bị thiêu rụi. Mặc dù Vua Sigismund III Vasa đã nỗ lực cho tu sửa lại phần kiến trúc bị phá hủy đó, chỉ có Cầu thang Senator và lò sưởi trong Phòng Bird vẫn còn cho đến ngày nay.[2] Năm 1609, Vua Sigismund dời đô đến Vác-sa-va, Wawel bước vào thời kỳ khó khăn. Cả lâu đài và các tòa nhà khác đều bị bỏ rơi bất chấp sự lo lắng của các thống đốc địa phương. Những cuộc xâm lược của Thụy Điển vào năm 1655-1657 và 1702 lại càng làm cho lâu đài này xuống cấp.[2]

Lâu đài Wawel với nhà thờ nhìn từ bên trái.

Ngọn đồi Wawel đã bị quân đội Phổ chiếm đóng vào năm 1794. Huy hiệu Hoàng gia đã bị đánh cắp và không bao giờ lấy lại được (ngoài Szczerbiec).[3] Sau sự kiện Phân vùng thứ ba của Ba Lan (1795), Wawel, được xem là một vị trí phòng thủ quan trọng, phần lớn đã bị phá hủy, phần ít ỏi còn lại được người Áo hiện đại hóa với những bức tường phòng thủ. Nội thất của lâu đài đã được thay đổi, trong khi một số tòa nhà thì bị kéo sập. Trong nửa cuối thế kỷ 19, người Áo đã biến các bức tường phòng thủ trước đây thành một phần của thành trì. Tuy nhiên, vào năm 1905, hoàng đế Franz Joseph I của Áo đã ra lệnh cho quân đội Áo rời khỏi Wawel.[2] Công việc trùng tu bắt đầu, với việc khám phá Rotunda- Nhà Tròn của Đức Mẹ Mary cũng như các di tích khác trong quá khứ. Việc cải tạo Đồi Wawel được tài trợ bởi các quỹ quyên góp cộng đồng.

Sau Thế chiến I, chính quyền mới độc lập của Đệ Nhị Cộng hòa Ba Lan quyết định rằng Lâu đài Wawel sẽ trở thành dinh thự đại diện của nhà nước Ba Lan, sẽ được sử dụng trước hết là bởi Thống đốc, và sau đó là Tổng thống.[2] Năm 1921, Quốc hội Ba Lan đã thông qua một nghị quyết cho phép Wawel trở thành nơi cư trú của Tổng thống Ba Lan. Sau sự tàn phá của Thế chiến II, theo sắc lệnh của Hội đồng Quốc gia Nhà nước, lâu đài Wawel trở thành Bảo tàng quốc gia.